這次的案件最早可以溯源到他們去往京都時，在那一趟新幹線上，奧永稔謊稱自己的背包里有炸彈，要求與國會議員候選人之一的藤原真介直接對話，但在最後關頭卻被柯南識破，導致奧永稔被高木警官逮捕, 至今還在關押之中。
其後便是橋本隼帶著沙.林毒氣在車站與她相遇，而後改換了釋放毒氣的日期，殺害祝川製藥會社社長祝川步，而橋本隼則是畏罪潛逃，目前仍在警方的通緝名單上。
再往後是他們發現了祝川製藥會社與黑衣組織的聯繫, 又從奧永稔和橋本隼的物品中發現了印有【AUM】字樣的盒子，藉此定位到在他們身後若隱若現的奧美教, 同時覺察到了組織在這起案件之中所扮演的角色, 甚至對組織的目的有了更加合理的推測。
得知黑衣組織可能在政商兩界都有一定的影響力之後，柯南在調查時謹慎了許多，只以工藤新一的名義聯繫了最熟悉的目暮警部，又千叮萬囑不能對外透露，從他那裡了解到關於奧美教教主渡邊嘉浩的資料。
「渡邊嘉浩曾經參加過政府選舉，但是卻失敗了。」柯南一邊翻閱，一邊說道，「他現在是一所特殊兒童教育學校的理事長, 偶爾給孩子們上課，其餘時間都在『修煉』『傳教』。」
「特殊兒童教育學校？」柳原月沒有接觸過這個詞。
柯南解釋道：「一般是指身體殘障或有缺陷的兒童, 這類孩子在普通學校可能會受到心理上的壓力和來自其他同學的排擠，所以會設立專門的學校為他們服務。」
他的目光落在學校官方網站的介紹上面：「但渡邊嘉浩成立的這所學校不同，他接受的是有心理問題的兒童，如孤獨症一類，宣傳點是在幫助他們康復的同時進行教育。」
柳原月理解了。
在她以前那裡，因為基因篩選的存在，身體殘疾的孩子基本不會有機會來到這個世界上，而心理方面的問題卻無法輕易篩查，更無法輕易治癒。
這類孩子同樣會由特定的老師教育，努力挖掘他們的潛能，可如果某個孩子真的沒有一點值得被投入精力的地方，就會遭到無情的拋棄，然後消失在世界上。
「但這所學校最特殊的是，它是寄宿制，學生們只有在一個學期結束才能夠由家長接回家，錄取條件看起來也很苛刻。」
柯南點開網友對這所學校的評價，大多是在說很難進入之類的。
【明明是康復學校，卻還要我家孩子做一張試卷，分數不夠就拒絕了我的入學申請，實在是太過分了！】